Voe com um nível mais alto de confiança. Os modernos controles de voo combinam sistemas mecânicos, hidráulicos e cada vez mais fly by wire para gerenciar superfícies de controle de voo, trem de pouso e outros mecanismos. À medida que a sofisticação desses controles aumenta, também aumentam os requisitos para velocidades de processamento mais rápidas e solenoides, sensores e atuadores menores, mais leves e mais confiáveis.

Enquanto a seção de rastreamento/orientação rastreia a missão para o alvo, a caixa de controle eletrônico executa a função básica de manter o míssil nos trilhos.  Os controles de voo devem monitorar a dinâmica da estrutura da aeronave e ajusta os parâmetros de voo. Os sistemas de controle de voo lidam com todas as seções do míssil. Eles devem estar bem protegidos contra EMI, gerada não só dentro do sistema, mas de fontes de contramedidas externas. Cada vez mais, os controles são distribuídos para aproximar a inteligência dos sensores e atuadores. Comunicações confiáveis e de alta velocidade entre vários subsistemas são críticas.