Vuela con un mayor nivel de confianza. Los controles de vuelo modernos combinan sistemas mecánicos, hidráulicos y cada vez más fly-by-wire para administrar las superficies de control de vuelo, el tren de aterrizaje y otros mecanismos. A medida que aumenta la sofisticación de estos controles, también lo hacen los requisitos para velocidades de procesamiento más rápidas y solenoides, sensores y actuadores más pequeños, ligeros y confiables.

Mientras que la sección de búsqueda/guía rastrea la misión hasta el objetivo, la caja de control electrónico realiza la función básica de mantener el misil en la pista.  Los controles de vuelo deben monitorear la dinámica del fuselaje y ajustar los parámetros de vuelo. Los sistemas de control de vuelo se ocupan de cada sección del misil. Deben estar bien protegidos contra la EMI, no solo generada dentro del sistema, sino también a partir de fuentes externas de contramedidas. Cada vez más, los controles se distribuyen para acercar la inteligencia a los sensores y actuadores. Las comunicaciones fiables y de alta velocidad entre varios subsistemas son fundamentales.